در سال های ابتدایی دهه 60، برخی از سیاسیون و روحانی نماها از تریبون های رسمی و غیررسمی و رسانه های جمعی، بارها به ساحت مقدس حضرت آیت الله العظمی خویی (قدس سره) اهانت کرده و باعث حیرت و رنجش علما و متدینین شدند. در یکی از این موارد در جلسات علنی مجلس شورای اسلامی و در دو نوبت مختلف، دو نماینده معلوم الحال تعرض شدیدی به ایشان داشتند که موجب واکنش و هشدار شدید اللحن حضرت آیت الله العظمی سید محمدصادق روحانی (دام ظله) گردید.
در ادامه گزارشی از نامه های معظم له به مقامات وقت را که در تاریخ 21 خرداد و 4 تیر 1362 نگاشته شده، می‌خوانید:
الف) نامه به رهبر فقید جمهوری اسلامی:
با ابلاغ سلام و تحیت؛
در دو جلسه مجلس شورا مخصوصا جلسه دیروز نسبت به ساحت مقدس حضرت آیت الله العظمی اقای خوئی جسارت کرده اند.
به نظر مبارک این گونه اهانت به چنین شخصیتی مصداق «الراد علیهم کالراد علینا» نیست؟ و این گونه افراد لیاقت نمایندگی دارند؟ اساساً احتمال می دهید این گونه افراد تفاله، افرادی باشند که ماموریت مشوّه جلوه دادن سیمای مقدس حکومت اسلامی را داشته باشند؟ و آیا وظیفه احساس نمی‌فرمایید این افراد را تنبیه فرمایید و ساحت مجلس را از لوث وجود این افراد منزه فرمایید؟ به انتظار اقدام عاجل.
ب) نامه به رئیس وقت مجلس
با ابلاغ سلام اهانت‌هایی که در دو جلسه مجلس به ساحت مقدس حضرت آیت الله العظمی خوئی شده است موجب ناراحتی عموم و آنچه موجب تحیّر است سکوت جنابعالی با آنکه همه گونه تنبیه نسبت به این افراد می توانید انجام دهید.
آیا کسی که نسبت به چنین شخصیتی این گونه اهانت می کند به حکم توقیع شریف می‌توان او را مسلمان خواند و لیاقت نمایندگی دارد؟ به هر حال مقتضی است قبل از آنکه انفجاری رخ دهد اقدامات لازمه را مبذول دارید والا ما چاره نداریم به جز انجام وظیفه.
ج) نامه به مجلس شورای اسلامی خطاب به حجت الاسلام معزی
اهانت‌هایی‌که دو نفر از نمایندگان در هفته قبل به مقام شامخ مرجع بزرگ عالم تشیع حضرت آیت الله العظمی خوئی مدظله نمودند غم و نفرت عمومی را برانگیخته.
هرگز تصور نمی رفت در کشوری که شالوده اش بر پایه دین مقدس اسلام و طریقه حقه جعفریه ریخته شده و حکومت اسلامی برقرار گردیده... در مجلس شورا در حضور جمعی از علماء اعلام این گونه اهانت به اصل فقاهت و لب آن که استاد فقهاء است، بنمایند و همه هم ساکت بنشینند، عجبا تاریخ چگونه تکرار می شود همان گونه که در صدر اسلام به اسم دین، اصل اسلام ـ علی ابن ابی طالب علیه السلام ـ را لعن و سب می‌نمودند حال نیز در اول برقراری حکومت اسلامی اصل فقاهت را به عنوان حمایت از ولایت فقیه این گونه وقیحانه می کوبند.
به هر حال انتظار مردم مسلمان از نمایندگان مجلس آن است که با یک اقدام انقلابی این گونه افراد را تنبیه بفرمایند به نحوی که دشمنان داخلی و خارجی حکومت اسلامی از این افراد نالایق قطع امید نمایند والا مردم خود به وظیفه اسلامیشان عمل خواهند نمود.