بخش نخست کتاب نامه های تاریخی دربرگیرنده مجموعه نامه های مرحوم آیت الله العظمی خوئی(ره) است، این مراسلات که تعداد آنها 105 نامه می باشد از سال 1367 هـ . ق آغاز و آخرین آن به تاریخ 1409 هـ . ق می باشد، تعداد نامه ها و مطالب مطرح شده در آنها و رابطه نزدیک میان طرفین موجبات قرار گرفتن این مجموعه از بخش نخست شده است.

بخش دوم کتاب نامه های تاریخی دربرگیرنده نامه های دیگر مراجع عظام تقلید گذشته، و علمای بلاد مختلف در ایران و خارج آن می باشد که با ملاحظه تاریخ درگذشت آنان تنظیم گردیده، در این بخش نامه هایی از آیات عظام خمینی ـ میلانی ـ حکیم و... قرار دارد.

بخش سوم کتاب نامه های تاریخی دربرگیرنده نامه های شخصیت های سیاسی و اجتماعی می باشد، نامه های این بخش نشان دهنده طیف وسیع و گسترده مرتبطین با حضرت آیت الله العظمی روحانی می باشد، که شامل سران احزاب سیاسی و فعالین اجتماعی و مذهبی با مشرب های گوناگون و تفکرات سیاسی و اجتماعی متنوع، و دیدگاه های متفاوت است. از این رو نامه های این بخش از اهمیت ویژه ای برخوردار است.

بخش چهارم کتاب نامه های تاریخی دربرگیرنده مجموعه تلگراف هایی است که در پاسخ نامه یا پیام یا تلگراف حضرت آیت الله العظمی روحانی داده شده است.