مرحوم آیـت اللّه الـعـظمی خوئی در مدت زعامت خود با مصائب و مشكلات فراوانی روبرو شدند، زیرا پس از تسلط عبدالكریم قاسم بر عراق و كودتاهای مكرر، وضع روحانیت و مردم نجف، دچار مشكل شد.
كمونیستهای وطنی از یك سو و بعثیهای بی رحم از طرف دیگر، عرصه را بر روحانیت تنگ كردند خـصـوصـا از سال 1389 كه بعثی ها روی كار آمدند، مصائب فراوانی آفریده و آیت اللّه حكیم و پس از وی آیـت اللّه خوئی را با مشكلات انبوهی روبرو نمودند. در شهامت و استقامت این مرد بزرگ همین بس كه در دوران تسلط بعثی ها ، آنان نتوانستند از این مرجع بـزرگ، برگی به نفع خود دریافت كنند، یا در جنگ تحمیلی علیه ایران، دست خطی از ایشان بگیرند و ایشان پـیـوسـته با حفظ مرجعیت و حوزه علمیه نجف، كوچكترین باجی به آنان نداد و در عین حال نـاملایمات را تحمل می كرد، تا آنجا كه گروهی از نزدیك ترین یاران ایشان به جرم خدمت و دیانت به زندان افتادند و از سرنوشت آنان خبری بدست نیامد تا با سقوط رژیم بعث خبر شهادت آنها اعلام شد.
ایشان بـه خـاطـر نـاملایمات از یك طرف و كبر سن از طرف دیگر، دچار بیماری سختی شدند و هر چه علاقمندان و بزرگان تلاش كردند كه برایشان پزشكی از خارج بیاورند، حزب بـعـث با آن موافقت نكرد و سرانجام به بیمارستان بغداد منتقل گشتند و با یك مداوای مرموز ایشان را مـرخـص كـردند و هیچ روشن نیست كه چگونه و به چه علتی از جهان رفتند، در تاریخ مرجعیت شـیـعـه ایـن مـسـالـه بـه تـجـربـه ثـابـت شـده است هر مرجعی كه به بیمارستان بغداد منتقل گشت، مرموزانه درگذشت.
سرانجام این مرد بزرگ پس از یك عمر بابركت، عصر روز هشتم ماه صفر 1413 جان به جان آفرین سپرد و خبر درگذشت ایشان ساعتها مكتوم ماند و سرانجام رادیو بغداد مجبور به بازگویی آن شـد، انتشار خبر موجی از اندوه در میان شیعیان پدید آورد شیعیان مظلوم عراق كه در خوف و رعب عظیمی به سر می برند، خود را آماده تشییع نمودند، ولی متاسفانه حكومت خونخوار بعث، حـتـی در خـود نـجـف اجازه تشییع نداد و آن مرد عظیم القدر در یك حكومت نظامی محلی در نیمه شب در صحن شریف در مدخل مسجد الخضرا كه جایگاه تدریسشان بود به خاك سپرده شدند و در تشییع ایشان جز چند نفر از شاگردان كسی حضور نداشت.