در پی به وجود آمدن برخی اختلاف نظرها در مورد شخصیت "مختار ثقفی" پرسشی در این مورد از آیت الله العظمی روحانی(مدظله العالی) شد. متن پرسش و پاسخ به شرح ذیل است: 

پرسش: با توجه به اینکه عده ای در مدح و عده ای در ذم مختار ثقفی می گویند نظر حضرتعالی در رابطه با وی چیست؟ با توجه به روایت وارده علت ادعای امامت محمد حنفیه چه بود؟

پاسخ: بسمه جلت اسمائه، جناب مختار خدماتی که به اهل بیت علیهم السلام کرده است بیان ارزش آن از عهده من و امثال من بر نمی آید و بعضی نسبت هایی که به او می دهند مانند آنکه "محمد حنفیه" را به عنوان امام خود شناخته بود، کذب است.

از ملاقات نوه مختار با امام صادق (ع) نیز معلوم می شود چه مقام عظیمی از نظر ائمه اطهار علیهم السلام داشته است و از رفتارش با قاتلین امام حسین (ع) علاقه او به ائمۀ اطهار (ع) معلوم می شود، همچنین رابطه وی با محمد حنفیه، جنبه سیاسی داشته است. حتی بعضی  ادعا می کنند مختار حزب کیسانیه را تشکیل داده و خود رهبر آن بوده است  که آنهم دروغ است بلکه بر حسب ادله قطعیه کیسانیه بعد از کشته شدن مختار تأسیس شد.

مختار، مسلماً از مردان بزرگ الهی بوده و قطعاً جای او در بهشت است خدای تعالی بر درجاتش بیفزاید. همچنین در مورد محمد حنفیه نیز باید اشاره نمود که وی صریحا گفته امام سجاد (ع) هم برای شما امام است هم برای من. اخیرا کتابی نوشته شده تحت عنوان مختار ثقفی رایت امید برای اطلاع بیشتر به آن مراجعه نمایید،مفید است.